Wolfgang Schäfer war nach Lehraufträgen an der Musikhochschule und der Pädagogischen Hochschule in Freiburg von 1982 bis 2008 Professor für Chordirigieren an der Hochschule für Musik und Darstellende Kunst in Frankfurt/Main.
Er leitet seit 1972 das Freiburger Vokalensemble, seit 1985 das jährlich stattfindende Festival und Chorseminar "Staufener Musikwoche" und ist Dirigent des 2008 gegründeten Frankfurter Kammerchors. Von 1982 bis 1997 war er in der Nachfolge von Helmuth Rilling und Kurt Thomas künstlerischer Leiter der Frankfurter Kantorei. Mit seinen Ensembles gewann Wolfgang Schäfer mehrere internationale Wettbewerbe u.a. dreimal den Wettbewerb der Europäischen Rundfunkanstalten und produzierte eine Vielzahl von Rundfunk-, Fernseh-, Schallplatten- und CD-Aufnahmen.
Als Gastdirigent arbeitete er mit renommierten Chören und Orchestern u.a. dem Rias-Kammerchor, dem SWR Vokalensemble, der Gächinger Kantorei Stuttgart, dem Bachchor Kyoto, dem Universitätschor Praetoria, dem Radiosinfonieorchester Frankfurt, dem Bachcollegium München, dem Israel Chamber Orchestra, dem Los Angeles Bach Festival Orchestra, der Königlichen Philharmonie Flandern, dem Domchor und Philharmonischen Orchester Porto und dem Lettischen Staatschor und Staatsorchester Riga.
Mehrfach war Wolfgang Schäfer Dozent und Juror bei internationalen Wettbewerben, Symposien und Meisterkursen u.a. in Italien, der Schweiz, Ungarn, Österreich, Estland, Tschechien, Kanada und Korea. Er gehört außerdem zum Juroren-Team des Deutschen Musikrats (Dirigenten-Forum) und des Deutschen Chorwettbewerbs.